رئیس دانشگاه به پیشنهاد هیئت امنا و تصویب تولیت عظمای آستان قدس رضوی از بین روحانیون برجسته برای مدت 5 سال تعیین می‌گردد (مادة 8 اساسنامه) و به هدایت و اداره امور دانشگاه می‌پردازد. رؤسای دانشگاه: دانشگاه علوم اسلامی تاکنون حضور سه رئیس را تجربه کرده است که دو رئیس اول و بخشی از ریاست رئیس سوم، پیش از تدوین و تصویب اساسنامه بوده است. در اینجا به مختصری از زندگانی این بزرگان که در پیشبرد اهداف دانشگاه سهم بسزایی داشته‌اند، اشاره می‌شود:

 

	حجت الاسلام و المسلمین دکتر سیدجواد مصطفوی (1301-1368)، نخستین رئیس دانشگاه بودند. وی فرزند سیدمحسن، امام است. تا هشت سالگی در طرق بود، سپس به مشهد آمد. او پس از گذراندن تحصیلات ابتدایی وارد حوزه علمیه شد و ادبیات عرب را نزد شیخ محمدرضا دامغانی و مطول و مغنی را پیش ادیب نیشابوری فراگرفت. لمعتین را از استاد سید احمد مدرس یزدی و رسائل، جماعت و عالم طرق مشهد مکاسب و کفایه و نیز کلام را از شیخ هاشم قزوینی و شرح تجرید را نزد شیخ مجتبی قزوینی آموخت. در سال 1331 به تهران رفت و در مدرسة مروی به تدریس مشغول شد. هم زمان در درس سید احمد خوانساری هم شرکت می‌کرد. در همان سالها وارد دانشکدة الهیات می‌شود و لیسانس و دکتری را پشت سر می‌گذارد. در سال 1348 به مشهد برمی‌گردد و رسماً وارد دانشکدة الهیات می‌شود (میراث ماندگار، 2/177-186). تألیفات وی دربارة نهج البلاغه (رابطة نهج البلاغه با قرآن و الکاشف عن الفاظ نهج البلاغه فی شروحه) معروف است و نیز کتاب بهشت خانوادة ایشان شهرت خاصی دارد. ابعاد گستردة اسلام مجموعة مقالات، الهادی الی اصول الکافی، مفتاح الوسائل و ترجمه و شرح اصول کافی از دیگر آثار ایشان است. ایشان در سالهای 1363 و 1364 ریاست دانشگاه علوم اسلامی رضوی را به عهده داشتند.
	آیت الله شیخ رجبعلی رضازاده; زادگاه وی تربت حیدریه است و در سال1326ش. وارد حوزة علمیة آن شهر شده و درسال1332 ش. به مشهد عزیمت می‌کند. ادبیات را نزد ادیب نیشابوری، قوانین را نزد آیت الله شیخ عبدالنبی کجوری و لمعتین را نزد آیت‌الله حاج میرزا احمد مدرس فرا می‌گیرد و به تدریس دروس سطح مشغول می‌شود. سطوح عالی را در نزد آیت‌الله حاج شیخ هاشم قزوینی فرا می‌گیرد و در سال 1337 در درس خارج آیت‌الله العظمی میلانی شرکت می‌کند. در سال 1345 به نجف اشرف می‌رود و در دروس خارج آیت‌الله العظمی خویی ، آیت‌الله وحید خراسانی و حضرت امام خمینی (ره) حاضر می‌شود. وی پس از یک سال به مشهد مقدس باز می‌گردد و مدت 18 سال در درس خارج آیت‌الله العظمی میلانی شرکت می‌کند و از هنگام ورود به مشهد مقدس همواره به تدریس در حوزه مشغول بوده و هم اکنون نیز یکی اساتید مبرز خارج فقه و اصول حوزة علمیة مشهد به شمار می‌رود. ایشان از سال 1365تا پایان 1369 علاوه بر تدریس در حوزه، ریاست دانشگاه رضوی را نیز به عهده داشته‌اند.
	حجت الاسلام و المسلمین محمدباقر فرزانه: متولد گناباد، از روحانیون مبارز قبل از انقلاب، شاگرد و یار دیرینة رهبر معظم انقلاب و تولیت عظمای آستان قدس رضوی، دبیر حزب جمهوری اسلامی در خراسان، در سال 1370 به عنوان سومین رئیس دانشگاه منصوب و تاکنون در این سمت ابقا شده‌اند. از مهمترین اقدامات دوره ریاست ایشان می توان به مصوب شدن اساسنامه و دوره های تحصیلی دانشگاه در شورای عالی انقلاب فرهنگی و برگزاری دوره های سه گانه تحصیلی کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری اشاره کرد. بطوریکه حیات آکادمیک دانشگاه و هدفگذاری های علمی آن از این دوره آغاز شد و تاکنون ادامه دارد. در بعد علمی نیز ایشان علاوه بر چاپ مقالات علمی در حوزه قرآن و نهج البلاغه و نیز مدیر مسئولی مجله تخصصی الهیات و حقوق، از اساتید با سابقه حوزه علمیه مشهد به شمار می رود. ایشان همچنین راهنمایی و مشاوره چندین پایان نامه تحصیلات تکمیلی را نیز بر عهده داشته است. رئیس دانشگاه افزون بر انتخاب چهار معاون برای حوزه‌های آموزش و تحصیلات تکمیلی، پژوهش, فرهنگی و دانشجویی و اداری و پشتیبانی، به طور مستقیم بر بخشهای زیر نظارت و اشراف دارند: گزینش دانشگاه؛ حراست و روابط عمومی.