رئیس دانشگاه به پیشنهاد هیئت امنا و تصویب تولیت عظمای آستان قدس رضوی از بین روحانیون برجسته برای مدت 5 سال تعیین می‌گردد (مادة 8 اساسنامه) و به هدایت و اداره امور دانشگاه می‌پردازد. رؤسای دانشگاه: دانشگاه علوم اسلامی تاکنون حضور چهار رئیس را تجربه کرده است که دو رئیس اول و بخشی از ریاست رئیس سوم، پیش از تدوین و تصویب اساسنامه بوده است. دردوره تولیت حضرت آیت الله رئیسی چهارمین رئیس دانشگاه نیز در اردیبهشت ماه 1397 معارفه شد. در اینجا به مختصری از زندگانی این بزرگان که در پیشبرد اهداف دانشگاه سهم بسزایی داشته‌اند، اشاره می‌شود:

 

	حجت الاسلام و المسلمین دکتر سیدجواد مصطفوی (1301-1368)، نخستین رئیس دانشگاه بودند. وی فرزند سیدمحسن، امام است. تا هشت سالگی در طرق بود، سپس به مشهد آمد. او پس از گذراندن تحصیلات ابتدایی وارد حوزه علمیه شد و ادبیات عرب را نزد شیخ محمدرضا دامغانی و مطول و مغنی را پیش ادیب نیشابوری فراگرفت. لمعتین را از استاد سید احمد مدرس یزدی و رسائل، جماعت و عالم طرق مشهد مکاسب و کفایه و نیز کلام را از شیخ هاشم قزوینی و شرح تجرید را نزد شیخ مجتبی قزوینی آموخت. در سال 1331 به تهران رفت و در مدرسة مروی به تدریس مشغول شد. هم زمان در درس سید احمد خوانساری هم شرکت می‌کرد. در همان سالها وارد دانشکدة الهیات می‌شود و لیسانس و دکتری را پشت سر می‌گذارد. در سال 1348 به مشهد برمی‌گردد و رسماً وارد دانشکدة الهیات می‌شود (میراث ماندگار، 2/177-186). تألیفات وی دربارة نهج البلاغه (رابطة نهج البلاغه با قرآن و الکاشف عن الفاظ نهج البلاغه فی شروحه) معروف است و نیز کتاب بهشت خانوادة ایشان شهرت خاصی دارد. ابعاد گستردة اسلام مجموعة مقالات، الهادی الی اصول الکافی، مفتاح الوسائل و ترجمه و شرح اصول کافی از دیگر آثار ایشان است. ایشان در سالهای 1363 و 1364 ریاست دانشگاه علوم اسلامی رضوی را به عهده داشتند.
	آیت الله شیخ رجبعلی رضازاده; زادگاه وی تربت حیدریه است و در سال1326ش. وارد حوزة علمیة آن شهر شده و درسال1332 ش. به مشهد عزیمت می‌کند. ادبیات را نزد ادیب نیشابوری، قوانین را نزد آیت الله شیخ عبدالنبی کجوری و لمعتین را نزد آیت‌الله حاج میرزا احمد مدرس فرا می‌گیرد و به تدریس دروس سطح مشغول می‌شود. سطوح عالی را در نزد آیت‌الله حاج شیخ هاشم قزوینی فرا می‌گیرد و در سال 1337 در درس خارج آیت‌الله العظمی میلانی شرکت می‌کند. در سال 1345 به نجف اشرف می‌رود و در دروس خارج آیت‌الله العظمی خویی ، آیت‌الله وحید خراسانی و حضرت امام خمینی (ره) حاضر می‌شود. وی پس از یک سال به مشهد مقدس باز می‌گردد و مدت 18 سال در درس خارج آیت‌الله العظمی میلانی شرکت می‌کند و از هنگام ورود به مشهد مقدس همواره به تدریس در حوزه مشغول بوده و هم اکنون نیز یکی اساتید مبرز خارج فقه و اصول حوزة علمیة مشهد به شمار می‌رود. ایشان از سال 1365تا پایان 1369 علاوه بر تدریس در حوزه، ریاست دانشگاه رضوی را نیز به عهده داشته‌اند.
	حجت الاسلام و المسلمین محمدباقر فرزانه: متولد گناباد، از روحانیون مبارز قبل از انقلاب، شاگرد و یار دیرینة رهبر معظم انقلاب و تولیت فقید آستان قدس رضوی، دبیر حزب جمهوری اسلامی در خراسان، در سال 1370 به عنوان سومین رئیس دانشگاه منصوب شد. از مهمترین اقدامات دوره ریاست ایشان می توان به مصوب شدن اساسنامه و دوره های تحصیلی دانشگاه در شورای عالی انقلاب فرهنگی و برگزاری دوره های سه گانه تحصیلی کارشناسی، کارشناسی ارشد و دکتری اشاره کرد. بطوریکه حیات آکادمیک دانشگاه و هدفگذاری های علمی آن از این دوره آغاز شده است. در بعد علمی نیز ایشان علاوه بر چاپ مقالات علمی در حوزه قرآن و نهج البلاغه و نیز مدیر مسئولی مجله تخصصی الهیات و حقوق، از اساتید با سابقه حوزه علمیه مشهد به شمار می رود. وی همچنین راهنمایی و مشاوره چندین پایان نامه تحصیلات تکمیلی را نیز بر عهده داشته است. حجت الاسلام والمسلمین فرزانه بعد از رحلت تولیت فقید آستان قدس رضوی با حکم مقام معظم رهبری به عضویت و دبیری شورای عالی حوزه علمیه خراسان منصوب شد و تا اردیبهشت ماه سال 97 نیز ریاست دانشگاه علوم اسلامی رضوی  را بر عهده داشت. قابل ذکر است طی این دوره رشته های دانشگاه به 29 رشته در سه مقطع افزایش داشت. همچنین به دلیل دقت نظر در رعایت آئین نامه های وزارت علوم، اختیار امضای دانشنامه ها و پاسخگویی به استعلامات دانش آموختگان، به دانشگاه سپرده شد. همچنین جذب هیئت علمی و برگزاری دوره های مختلف تحصیلات تکمیلی که در بعضی از رشته ها در شرق کشور برای نخستین بار بود در همین دوره صورت پذیرفت.